Если вы просто хотите установить новый блок управления, точно такой же, как тот, который у вас был, перепрошивать блок отопителя не нужно. Прошивка пульта и блока осуществляется в том случае, если вам нужно было бы менять свечу с китайской на японскую. Для этого нужно было бы заказывать и ждать перепрошитую плату с завода и перепрограмматор.
Скорее всего, не работает микросхема, раз блок не принимает сигнал пульта. В принципе, микросхему можно перепаять в специальной ремонтной мастерской.